根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。虽然公司在转让股权时，公司的资产状况，包括国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物的价值，是决定股权转让价格的重要因素，但不等于公司在股权转让时只要有土地使用权，股权转让的性质就变成了土地使用权转让，股权转让时目标公司并未发生国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物转让的行为。从这点看，转让股权确实和土地增值税没有什么关系。

　　《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）（以下简称“48号文”）规定：“三、关于企业兼并转让房地产的征免税问题：在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”根据上述规定，企业为了规避转让房地产过程中发生的土地增值税，常常会以股权转让的方式转让房地产。

　　国家税务总局只是批复应该应依照《土地增值税暂行条例》的规定征收土地增值税，但并未具体明确由谁缴纳土地增值税，再结合我们对《土地增值税暂行条例》及其实施细则的学习来看，实际持有房产和土地的被投资企业并没有发生房产和土地出售或者其他方式有偿转让行为，那么为何缴纳呢？原股东只是转让了股权，也不应该缴纳啊！

　　对于企业兼并过程中的房地产转让行为，根据48号文的规定，可暂免征收土地增值税。但是，48号文在实施的过程中却遇到了大量企业或个人以股权转让方式转让房地产的问题。2000年，广西壮族自治区地税曾就此请示国家税务总局。而国家税务总局在其《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）中回复称：《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报[2000]32号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

　　根据该批复，以股权转让之名行房地产转让之实的行为是应当按照土地增值税的规定进行征税的。但是该文件有两个问题：一是其自身的效力问题，二是该文件所规范的行为界定问题。

　　第一，国税函[2000]687号是国家税务总局答复广西壮族自治区地方税务局的文件，对广西壮族自治区地方税务局及抄送的机关有法律效力，但其他税务机关遇到相同情形事项是否参照执行一直存在争议。依据相关行政法规和国税发[2004]132号规定，国税函属部门规范性文件，具有一定的法律效力，效力位阶在税收法律、行政法规、部门规章之后。批复是用于答复下级机关请示事项的公文。因此严格地来说687号文只是对请示税务机关所请示的事项具有法律效力，同时也对抄送的机关也有法律效力，但是其他税务机关遇到性质相同的事项也是可以选择参照执行的。现在全国各地税务机关对该文件执行口径不一致，有参照执行的，也有未按照执行的。执行与不执行的选择权力在主管税务机关。

　　第二，该批复仅是根据个案的批复，并未给出适用情形的界定标准。财政部、国家税务总局于2006年出台了规范土地增值税税收优惠问题的规定。根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）规定，“五、关于以房地产进行投资或联营的征免税问题：对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）第一条暂免征收土地增值税的规定。”然而，该文件只对财税[1995]48号文的第一条以房地产进行投资或联营的征免税问题进行了重新明确，但有关合作建房、企业兼并转让房地产的征免税问题新文件并没有包括其中。也就是说，48号文中的关于企业兼并转让房地产的暂免征收土地增值税的规定依然有效。那么在2000年已经出现相关批复的情况下，为何财税[2006]21号文未将这种“以股权转让之名行转让房地产之实”的行为明确排除在48号文“暂免征收”的情形之外呢？

　　“暂免征税”属于一种税收优惠措施。税收优惠，是